１つ目。通常ＨＰを見る側にとって結構不快な事が多いのでオススメできません。その上回避方法も広く知れ渡っていますのでやらない方が無難かと思います。

２つ目。別に隠蔽と言えるかどうかも分かりませんが、基本です。これをすることで、ＨＴＭＬソースには表示されないのでちらっとソースを見られることはありません（URLが表示されるので直でアクセスされれば意味はありません）。

３つ目。私も詳しくないんで何ですが、PHP等を用いるとキャッシュを残さないようにできるようです（ＰＨＰマニュアル参照）。

４つ目。意外に知らない人が多いようですが、javascriptは何も".js"である必要はありません。

上記のように".php"等の別ファイルでも可能です。つまり動的に変更されるjavascriptにできるということです。

５つ目。４つ目の応用。ＨＰ自体をセッション管理することによって、特定のページからしか(CGIで作成した)javascriptファイルを呼び出せなくすることが可能になります。つまり、javascriptファイルを直にダウンロードしようとしても、空あるいはフェイクのjavascriptがダウンロードされるようにできます。

１は論外として、２～５を組み合わせると普通にＨＰを見に来た人には気づかれず、そこそこ隠蔽できるかと思います。が、致命的な欠陥。ＩＥで「名前を付けて保存」すると、外部ファイルも含めて全部保存されちゃったりします（意味ないじゃん！？）。

[結論]

そこまでして隠蔽しなくてもいいんじゃね？って事ですかね（笑
キャッシュに残さなかったりするとページの更新の度に外部ファイルを読み直す必要があります。ＨＰをわざわざ見に来てくれたユーザーの事を配慮すると、「そこまでする必要はない。」というのが私の結論。逆にjavascriptの圧縮は正解だと思います。